Au sein de l'Aviation Civile et commerciale, chaque direction oriente son travail selon la mission qui lui est assignée. Au niveau des directions, un certain nombre de tâches leurs sont révolues. Ces charges sont bien définies et attribuées à chacune des Directions. Par contre le rôle de  la Direction de la Météorologie Nationale est de d'observer et prévoir, collecter et traiter, diffuser les informations et les produits météorologiques aux différents usagers de la vie économique. Par exemple le phénomènes des inondations, les alertes cycloniques, les sécheresses, les perturbations climatiques ou encore les variations du climatique. Avec l'avènement de RANET, la Direction se propose  d'organiser des rencontres avec les partenaires sociaux pour discuter des besoins ressentis par  les communautés rurales. Comme le programme de lutte contre le SIDA, le désenclavement des populations, l'appui aux organisations des  femmes en milieu rurale, l'éducation, et la sensibilisation des personnes ressources pour la vulgarisation de l'information météo dans les zones les plus reculées.

Le Secrétariat est composé de cinq Directions à savoir :

     DIRECTION DE LA NAVIGATION AÉRIENNE

     DIRECTION DE LA MÉTÉOROLOGIE NATIONALE

     DIRECTION DES TRANSPORTS AÉRIENS

     DIRECTION DES ÉQUIPEMENTS AÉRONAUTIQUES

     DIRECTION ADMINISTRATIVE ET FINANCIÈRE

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